Gülşehir Çok Programlı Lisesi;1994 Yılında açılmış ve 1994-1995 yılında eğitim öğretime başlamıştır.İmam Hatip Lisesi Bölümü ise 1995-1996 Eğitim ve Öğretim yılında alan olarak açılmıştır.
        İmam Hatip Lisesi Bölümü,1997-1998 Öğretim Yılına kadar Orta Okul kısmı ve Lise kısmıyla öğretime devam etmiş ancak Bakanlığımızın İlköğretim Kurumları Yönetmeliğini değiştirip İlköğretimin kesintisiz 8(sekiz) yıla çıkmasıyla 1997'de Orta kısım kapatılmştır.
        Bu program 1990-2000 Öğretim Yılına kadar devam etmiş ancak öğrenci kaydı olmaması nedeniyle bu öğretimin sonunda aktif olarak açılamamıştır.
        İmam Hatip Lisesi,2006-2007 Eğitim ve Öğretim Yılında tekrar açılarak öğretime başlamış ve bu bölümde 9.ve 10.Sınıflarımızda birer şube olmak üzere toplam 36 öğrenciyle eğitime devam etmektedir.